L'Istituto “Effetà Paolo VI” è sorto a Betlemme per desiderio di Papa Paolo VI durante la Sua visita in Terra Santa nel 1964. In quell'occasione Sua Santità constatò la presenza di numerosi bambini non udenti privi di assistenza, ed espresse il desiderio che fosse realizzata un'opera educativa per la loro riabilitazione.

L'Istituto venne costruito in sei anni durante i quali si elaborò anche un primo progetto educativo. Il 30 giugno 1971 il Cardinale Massimiliano Furstemberg inaugurò la Scuola, la cui gestione fu affidata alla Congregazione delle Suore Maestre di Santa Dorotea, Figlie dei Sacri Cuori di Vicenza (Italia), già presenti in Terra Santa dal 1927.

Per l'attuazione di quest'opera educativa il Santo Padre si accordò con il Patriarca Latino di Gerusalemme, con la CNWEA (Catholic Near East Welfare Association) tramite la Missione Pontificia per la Palestina che si sono impegnati a contribuire finanziariamente per la realizzazione dell'opera e successivamente per lo sviluppo delle attività scolastiche. Il nome della Scuola si rifà ad un passo del Vangelo secondo Marco (7, 32-37): "E gli condussero un sordomuto, pregandolo di imporgli la mano. E portandolo in disparte lontano dalla folla, gli pose le dita negli orecchi e con la saliva gli toccò la lingua; guardando quindi verso il cielo, emise un sospiro e disse: “Effetà ” è cioà: "Apriti!". E subito gli si aprirono gli orecchi, si sciolse il nodo della sua lingua e parlava correttamente".

Il 6 settembre 1971 ventiquattro bambini audiolesi iniziarono il programma riabilitativo audiofonetico con un curriculum scolastico che, secondo la normativa, prevedeva la conclusione alla sesta classe. Qualche anno dopo, fino al 1996, la Scuola fece partire inoltre un corso triennale di taglio e cucito. Nel 1997 ha avuto inizio un corso biennale per il conseguimento del diploma di segreteria attraverso lo studio dell'informatica e di alcune discipline complementari come la lingua araba, l'inglese e le scienze umane.

Dal 2003, in base alla normativa sul prolungamento dell'obbligo scolastico ai 16 anni, l'Istituto ha avviato il "Progetto M" cioè il ciclo della Scuola media secondaria raggiungendo la tappa della decima classe. In un contesto culturale mutato, tale curriculum risultava incompleto sia dal punto di vista della rieducazione audiofonetica che di quello culturale; esso infatti non completava la formazione di base valida per l'inserimento graduale nel mondo del lavoro per il quale occorre la frequenza fino al dodicesimo anno e l'acquisizione del titolo di studio che giustifichi formalmente l'istruzione acquisita. La Scuola ha quindi avviato il progetto M2 per continuare il processo educativo fino al 12° grado (Tawjihi) e consentire così agli studenti di sostenere gli esami di maturità.